O ministro Joaquim Barbosa também acompanhou o voto do relator, ministro Gilmar Mendes, no julgamento das duas Ações Diretas de Inconstitucionalidade (ADI 3289 e 3290) que contestam a elevação do status do presidente do Banco Central à condição de ministro de Estado. Ao votar o ministro Barbosa ressaltou não ver qualquer inconstitucionalidade na Medida Provisória 207/04. Segundo o ministro Joaquim Barbosa, o Banco Central não é tecnicamente subordinado ao Ministério da Fazenda, mas, sim, a ele vinculado. Desta forma o ministro votou pela improcedência das duas ações.

O ministro Carlos Ayres Britto divergiu do relator, ministro Gilmar Mendes. No momento vota o ministro Cezar Peluso.